Jedną z najbardziej trudnych części stomatologii jest chirurgia. Nie bez powodu mówi się, iż tam, gdzie stomatolog nie jest w stanie sobie poradzić, tam chirurg już tak. Chirurgia w kontekście stomatologicznym nie ogranicza się tylko do usuwania zębów, które przy pomocy konwencjonalnych metod stosowanych w gabinecie stomatologicznym nie mogą być usunięte. To również wiele skomplikowanych zabiegów, mających chociażby na celu zespolenie bądź usunięcie odłamów kostnych szczęki, usuwanie zmian, które mogły powstać w procesie nowotworowym, jak i wiele innych czynności.
Wszelkie zabiegi, które ingerują w strukturę kości, wymuszają niejako szczególny proces leczniczy. Stosuje się nie tylko środki, dzięki którym regeneracja kości będzie łatwiejsza, lecz także niweluje się ryzyko infekcji bakteryjnej czy też o charakterze wirusowym. Infekcja umiejscowiona w takiej ranie może stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia i życia pacjenta, dlatego też wykonuje się je z zachowaniem należytej staranności, wdrażając również odpowiednie protokoły profilaktyczne.